益生菌产品有许多种，最重要的区别在于每款产品含多少不同菌种的细菌。据此，益生菌可以分成三类：
1.单菌株益生菌：只含有单株的益生菌，例如嗜酸乳杆菌A ；
2.多菌株益生菌：含同一菌种内的多株益生菌，例如嗜酸乳杆菌A和嗜酸乳杆菌B；
3.多菌种益生菌：含多于一个菌种甚至菌属的益生菌，例如嗜酸乳杆菌、双歧杆菌和乳酸乳球菌等。
事实证明，多菌种益生菌比单菌株或多菌株益生菌更有效，因为只有多菌种益生菌能够在三个层面全方位调整胃肠道状态：
第一层：益生菌与肠道微生物直接作用
在这一层面上，肠腔中益生菌与其他微生物直接发生相互作用，而肠道菌群平衡对于机体健康至关重要。
肠道菌群在此发挥多种重要功能，例如分解未消化且难消化的多糖，供应维生素和短链脂肪酸等必需的营养物质。此外，健康的微生物群保护我们免受潜在致病菌定殖和过度生长的危害。
肠道菌群和益生菌通过下列方式抵抗致病菌定殖：
1.竞争营养物质
2.在肠上皮处竞争空间及粘附部位
3.清除由致病菌产生的毒素
4.降低内腔pH值（局部）
5.产生可以抵御致病菌的抗菌物质（天然抗生素）
第二层：益生菌改善肠上皮屏障功能
在这一层面上，发生益生菌与肠上皮细胞之间的相互作用。
由单层肠上皮细胞（IEC）形成的强大屏障能允许肠道吸收营养物质、电解质和水分进入体内，同时维持对内毒素、抗原和微生物的有效抵御作用。换句话说：它是外界环境与我们身体内部之间的屏障。
肠道屏障的通透性由肠上皮细胞之间的“紧密连接“来调节，”紧密连接“是连接上皮细胞的蛋白质结构，正常情况下，“紧密连接”是封闭的，可以防止有害物质进入体内。
在过去十年里，对许多胃肠道和免疫疾病能够导致肠道屏障功能受损的认识日益加深。肠道菌群和益生菌也能通过各种机制影响肠道屏障功能，其中包括影响肠道上皮细胞的新陈代谢、增殖和存活，增加粘液的分泌，并刺激IEC分泌防御素等。此外，它们还能影响紧密连接蛋白质的结构、表达和分布。
第三层：益生菌具有免疫调节和消炎作用
在这一层面上，发生益生菌与免疫系统之间的相互作用。
我们体内很大一部分的免疫细胞（60-70%）分布于我们的肠道组织周围。研究证实，肠道菌群与肠道免疫系统相互作用，影响其发展、成熟与功能。
在理想状态下，益生菌与免疫系统的联盟能够对致病菌产生抵御作用，并维持一些负责耐受无害抗原的信号通路畅通。