研究认为，消化系统中的细菌总数约为10万亿个（1013个细胞）；其中大多数都分属于50个菌种；单一菌种的数量大约介于300至1000个之间。如果取出一个人消化系统中的所有细菌，它们的总重量约在0.2千克左右。
我们肠道的各个部分中定居着不同数量的细菌。例如，十二指肠中细菌数量较少，因为这里是强酸性环境，细菌无法存活。像最为人们熟知的有益菌—乳酸菌，就是在小肠中发现的。其余大部分细菌在结肠内更为活跃，例如数量较多的有益菌—双歧杆菌。当然，在大肠内也存在着一些可能对人体有害的细菌。