每天，这些细菌都在各自执行着许多的任务，例如：
1、帮助消化食物
2、吸收维生素和矿物质
3、产生必需的维生素、酶和氨基酸
4、消除食物中的有害成分
5、调节肠道中的微生态环境
6、抵御致病菌和毒素
7、帮助调节人体的免疫系统
“好”细菌能够确保肠道粘膜保持清洁，帮助消化和免疫系统正常工作，并抵抗致病菌的危害。这些有益菌通过代谢调节肠道的微生态环境（例如降低pH），以此建立一道让有害菌无法存活的屏障来保护我们免受感染的威胁。另外，有益菌还能够促进免疫球蛋白(IgA)的形成，而IgA可以强化肠道粘膜内壁，防止过敏的发生。
根据最新研究，肠道微生物组也有许多不为人知的新功能：例如它们可能会对我们的神经系统产生影响（脑—肠轴）、改变我们对疼痛的感知，以及我们利用食物中营养的模式等。